| 微生物多样性分析（DGGE技术） | |
| 【返回本版】 【发表帖子】 【回复帖子】 | 浏览量 83 回帖数 0 |
 |
生物探索者 等级 ★ 0 楼 发表于 2016/8/15 9:34:57 编 辑 |
|
|
微生物多样性分析（DGGE技术） DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言，就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，DNA片段向高浓度变性剂方向迁移，当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处，双链DNA形成部分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性，因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开，它是一种很有用分子标记方法。现已广泛应用于生物多样性调查、亲缘关系鉴定、基因突变检测等多个领域。 1）PCR-DGGE实验路线 前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同； 试验阶段：DNA提取，PCR扩增，变性梯度凝胶电泳，确认回收克隆条带；目的片段的克隆测序；（30个工作日） 数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：胶图分析（样本间或组间的聚类分析，PCA分析，灰度值分析，多样性指数分析）；序列分析（序列比对分析，结合图谱分析样本里边的优势种群分布情况，并进行系统发育树分析）； 目前已经进行的样本类型：土壤样本（森林，农田，池塘淤泥等）；肠道样本（鸡，鸭，鱼，鼠等）；粪便样本（昆虫，鼠，鸡，鱼，鸭，婴儿等）；污水处理材料（生物膜，高分子材料）；食品（如腊肉，火腿，鸡肉，茶叶等）沼池，不同处理前后水样，空气，酒曲等。 已经进行的菌群类型：常用细菌，真菌，古菌，产甲烷菌，产甲烷氧化菌，固氮菌，硝化细菌，反硝化细菌，氨氧化古菌等。 2）客户须知： 本公司需要签订技术服务合作合同； 本公司再试验结束后，如没要求，试验样本将统一销毁； 本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本，此类样本请您提供样本DNA。 3）报价说明： 以15个原始样本进行30个克隆为例进行说明 单价（元） 数量 合计 DNA提取 100 15 1500 PCR+纯化 20 15 300 跑胶 2500 1 2500 切胶 5 30 150 克隆 230 30 6900 分析 2000 1 2000 13350 DGGE特殊引物 单价（元） 数量 合计 DNA提取 100 15 1500 PCR+纯化 20 15 300 跑胶 2800 1 2800 切胶 5 30 150 克隆 230 30 6900 分析 2000 1 2000 18150 4）常用引物信息： 测序类型 引物名称 扩增长度 细菌16S rDNA 常规（推荐） 338F 180bp GC338F 518R 细菌16S rDNA 常规（推荐） 341F 585bp GC 341F 926R 细菌16S rDNA 常规（推荐） 341F 566bp GC 341F 907R 细菌16S rRNA 常规（推荐） U968F 433bp GC U968F L1401 真菌18S rDNA 常规（推荐） FR1 389bp GC-FR1 FF390 真菌ITS 常规（推荐） ITS1f GC-ITS1F ITS4 ITS2 细菌16S rRNA 常规 AM1 AM2 细菌16S rRNA 常规 BAC338F 467bp GC BAC338F BAC805F 古细菌16S rRNA 常规（比较难做） ARC787F 272bp GC-ARC787F ARC1059R 真菌18S rDNA 常规（不常做） fung GCFung NS1 反硝化细菌nosZ 功能菌 nosZ-F GC nosZ1622R 反硝化细菌nirS 功能菌 cd3aF R3cd-GC 反硝化菌nirK 功能菌 FlaGu R3Gu-GC 硝化细菌AOB 功能菌 amoA 1F-GC amoA 2R 硝化菌 功能菌 NirS1F GC-NirS1F NirS3R 氨氧化古菌 功能菌 CrenamoA23f 593bp CrenamoA616R 氨氧化古菌AOA 功能菌 Arch-amoAF-GC Arch-amoAR 古菌 功能菌 ARCH344F 571bp ARCH344F-GC ARCH915R 产甲烷古菌 功能菌 109F 409bp 518R 产甲烷菌 功能菌 Arch21F 1492r GC-340F |
||
| 1 |